Funchal Havn var den eneste vigtige havn på Madeira, men fungerer siden 2007 som fuldt dedikeret til passagertransport, krydstogtskibe, færger og andre turist-relaterede både og yachter. Fiskeri-og rederivirksomheder er flyttet til den nyudviklede havn i Canical, 19 km ø for Funchal.